组织成立初始阶段有一个过渡期，由发起人担任领导和进行决策。这个阶段，章程和程序往往都只能徒具形式，因为除了核心人物，其他人既不知道怎么做，彼此之间也不熟悉。所谓的“理事会”往往是拉一些名人做门面，不起实质作用。章程所规定的会员选举也没有操作性，或即使是硬性操作，也起不到好的作用。在这种阶段，有一个以“人治”为主的过渡期是必要的。然而问题是中国的民间组织几乎都停留于这个阶段不再前进，把民间组织变成发起者的家庭作坊，由感情维系一个亲近者的小圈子，而不是真正意义上的社团。所进行的活动也大多都是针对媒体和讨好出钱者的表演。
在组织规模小的时候，这种形式不会太多地暴露问题，反而可能显示优越性（效率高）。但是随着组织的扩大，这种方式会不可避免地造成对多数人的排斥，因此一定会引发种种矛盾，最终成为组织发展的致命障碍。很多民间组织的实例，都对此提供了证明。
发起人的“人治”也还算有一定合理性，因为发起人往往有更强的责任感，投入的心血也多，是组织需要的。但考虑到发起人终将让位给其他人，新的领导人如何产生、轮换、被制约和被监督，就不能不靠一种体制来完成和保证。因为接任的领导人不会有创始人的天然资格和权威，也不一定有创始人那种无限的责任心。我们以往熟知的是一种禅让制（也就是所谓“接班人”），那种制度的弊病一是选择时可能看不准，二是接班后可能发生变化。一旦接班人出问题，组织的前途就可能被断送，或者成为其谋取私利的工具。
应该采用什么样的体制，一种可想而知的方式是由全体会员进行选举，那是持有民主理念的人可以不假思索表示拥戴的。但是如果认真思索一下，就会发现不那么简单，笼统的选举不会包治百病。首先遇到的就是成百上千名会员（甚至更多）彼此毫不了解，他们如何选举？又能选出什么结果？如果不想沦为定期上演的那种选举木偶剧的话，比如说采用竞选方式，但是会员分散各处，除了会刊以外彼此几乎没有任何纽带连接，竞选基本没有操作性。唯一可做的是召开一个会员大会（到会的人能有多少？不在一个地区的会员怎么办），愿意参选的人自由发表竞选演说（每人限制5分钟还是10分钟？），由到会会员根据对演说者的印象投票决定。可想而知那将是多么的浮浅和容易被操纵的。
这就需要考虑一种新的机制，既能够摆脱人治，符合民主的理念，又具有操作性，而且是一种可持续的并且能够自动运转的机制。我按照逐层递选制的原理，结合我多年观察并参与民间组织活动的经验，提出这样一种体制：
这种体制的核心可以用一句话概括——由正在进行的各项目之负责人构成的常务理事会，决定大政方针，并选举作为执行者的总干事。
1、为什么由项目负责人构成常务理事会？
因为各项目负责人从事具体工作，比通常那种荣誉性的挂名理事了解情况，有责任心，关注组织的发展，他们相互沟通多，对组织的大政方针是最合适的制定者。
民间环境组织的理念和目标是通过做项目来表达实现的，以项目负责人构成常务理事会和选举总干事，能够最好地推动项目，因此也就能最好地实现组织的理念和目标。
2、怎样认定项目
在创始阶段，以发起人为核心的过渡班子需要有意识地选择、培育项目，当项目数量达到3－5个的时候，过渡期即可结束，让位给项目负责人构成的常务理事会。
在那以后新开展的项目，只要有n名以上的会员参与（会员数量的要求一是有为了具备群众性，二是为了对项目负责人构成制约。参与项目的会员名单都要报办公室备案），持续活动n月以上（时间的限制一是为了考验，二是保证只有可持续的长期项目负责人才会成为常务理事，有益于常务理事会的稳定性和长期眼光），经常务理事会评价，认定是有成果并且可持续的，即成为具有常务理事资格的项目，其负责人成为常务理事，参加常务理事会，有在常务理事会中的投票权。参与项目的所有成员在常务理事会办公室备案。
所有项目（包括延续下来的老项目）实行每半年一次的审评，由项目负责人准备报告，列出所有活动和成果，参与该项目的所有成员都要签署意见，表示对报告的真实性是否认可，有何异议。报告提交常务理事会审核，凡有异议之处都要调查。如果审评没有通过，该项目取消常务理事资格。撤消项目及对项目的支持。
已经结束和自行停止的项目，应该由项目负责人主动向常务理事会报告，并自动退出常务理事会。
3、怎样认定项目负责人
项目负责人由参与该项目的全体成员选举产生。理论上，项目成员可以随时罢免老的负责人，选举新的负责人，如果他们认为有需要的话。但一般只要项目负责人没有重大错误，这种情况不易发生，因为项目负责人一般都是项目的发起者，对项目最积极努力，是所有联系的枢纽，别人也不易取代。
如果发生了更换负责人的情况，参与项目的所有备案成员应该签署一个表（可设计专用的），每人签署自己选谁，票数超过三分之二的当选，自动成为常务理事，原来的项目负责人退出常务理事。
即使项目成员没有对负责人提出异议，也要每半年签署一次对原负责人的认可，这主要是为了防止碍于情面，没有人提出重新选举的动议，造成不称职的负责人继续留在台上。
4、常务理事会如何工作
常务理事会要定期（至少每月一次）举行例会（也可由总干事临时召集或常务理事临时提议）。三分之二以上的常务理事到会，会议才有效。社团的所有重要决策，都需要按照常务理事会表决通过。工作方面的决议要二分之一以上的票数方可通过。每个正式决定都应该有所有到会的常务理事签字。
5、常务理事会如何选举总干事
需要全部常务理事到会（不可抗拒情况除外），当选者需获得三分之二以上的票数。在没有人获得三分之二以上票数时，如提名多人，取票数前两名重新投票。如对两人进行三次投票后仍然不能出现三分之二票数，简单多数者当选（但他以后经受的挑剔会多，等于是一种平衡）。任何时候，只要有常务理事会的四分之一成员同意重新选举总干事，就可以对此进行表决。每次选举和更换新的总干事要尽快布告全体会员。
6、总干事
当选总干事如果原来是项目负责人，需要离开所属的项目，不得兼任。其职能主要是执行和完成常务理事会的决议，领导总部的个职能部门，协调与服务已有的项目，创办和推动新项目（总干事如果愿意保持当选，有动力推动新项目的成功，因此也符合组织的目标），发展新会员，办会刊，组织会员活动，负责财务，提出预算和决算，筹款等。
有条件的情况下，总干事应该是由组织付工资的专职人员。
7、职能部门
组织规模小的时候，有一个办公室就可以担负所有职能。组织规模达到一定程度，将分化出相应的数个职能部门。
职能部门由总干事领导。
职能部门的工作人员由总干事提名，工资标准也由总干事拟订，但都需要通过常务理事会的质询和批准。
在组织达到一定规模的时候，职能部门的工作人员应该是领取工资的专业化人员。
8、新项目如何形成
凡会员皆有权力提出项目设想，组织其他会员参与。在项目被批准之前，应将关于项目设想和可行性分析送交办公室（或项目策划部门），办公室认为符合标准（待定）后，转发所有常务理事，并在常务理事例会上进行讨论。常务理事会讨论通过的项目为正式立项，纳入项目管理，办公室提供服务，可以用组织的名义，并受组织的审查和约制。从立项之日开始，进入对项目的n月审核期（审核通过即可获常务理事资格）。
一般而言，项目应该自己解决主要的资金来源（是衡量一个项目能否持续的标准之一），但常务理事会可以根据对项目的判断，对某些项目拨给一定数量的启动资金；办公室也有义务帮助有潜力的项目寻求国内外资助。
9、没有参加项目的会员
一般而言，不可能做到全体会员都参与项目。没有参加项目的会员以交会费表达对自然之友的支持，以会刊和集体活动保持联系。这种会员可以尽量增加，成为社团广泛的社会基础。
10、作为常务理事的各项目负责人会不会使常务理事会陷入彼此瓜分资源的争夺？
可以避免。一是只有长期项目才有常务理事资格，那种项目一般都已有专款专用的资金来源，别的项目无法觊觎；二是由多数裁决，不会陷入僵局，也能保持总体的公正；三是常务理事们会懂得共同的目标与利益在哪里，保持公心；四是有总干事的平衡。
11、常务理事的数量
保证实现充分了解和相互沟通，常务理事的数量以5 个以上10个以下为宜，这也就等于正在实行的长期项目的数量，比较符合一个民间组织的能力。考虑如果将来项目和组织都会继续扩大规模，那时可以再分出新的层次，如项目下面增加活动小组，第一层的选举改为活动小组成员选举小组长，然后由小组长选举项目负责人，这样每个项目可容纳的成员立刻可以提高几倍。再比如几个民间组织要实行联合，可以由各组织的总干事组成总干事委员会，对联合体进行整体协调和决策，并选举联合体的负责人。
12、理事会
在常务理事会之外，还有一个理事会，成员的数量可以比较多，主要是有社会影响的人物，在某方面有特长的专家等组成（概念上可类比当今官方体制的“政协”，没有立法权，是个荣誉加咨议的机构）。由于项目结束而从常务理事上退下来（而不是被罢免或项目夭折）的原项目负责人，也自然成为理事之一。
理事会成员由常务理事会提名。
理事会每年举行一次会议，由常务理事会汇报工作，听取理事会的意见。
理事平时可通过个人对常务理事会提建议的方式，或常务理事会分头咨询的方式发挥作用。
民间组织的正规化不能走官僚化道路，也不能走公司化道路。前者民间组织没有那么多权力资源，后者民间组织没有那么多经济资源。所以民间组织是没有约束力的，只要参加者觉得有一点不如意，就可以甩手不干。民间组织的资源优势在于道义。吸引参加者的是能够实现他们对价值的认定和对理想的追求，这种吸引的前提首先就在于必须让他们感到其作为是自己主动的选择，而不是来自上面的命令、指挥和安排。可以说民间组织的生命力就取决于这一点。然而既然是组织，就不能完全让组织成员各行其是，随心所欲，完全没有章法。如何协调这中间的矛盾？上述体制的优点之一就是可以把二者较好地统一起来，既能充分地发挥每个参与者的主动性（他们是权力的源头），让他们获得主人翁的感觉，又能够建立一条完整的制约链条，其上没有一个环节不受到制约，因而形成一个有序的整体。这一点对当前中国民间组织的健康发展，将会是非常有价值的。